A Baía de Todos os Santos (BTS) está localizada nas bordas da terceira maior cidade brasileira, Salvador, capital da Bahia. Centrada entre a latitude de 12°50’ S e a longitude de 38°38’ W, a BTS apresenta uma área de 1.233 km2, sendo a segunda maior baía do Brasil, superada apenas pela baía de São Marcos, no Maranhão. No entorno da BTS há um contingente populacional superior a três milhões de habitantes, em início de 2010. Dentre as baías da costa leste brasileira, é a única que apresenta dez terminais portuários de grande porte, um canal de entrada naturalmente navegável e canais internos profundos, fato este que a qualifica como pólo facilitador do desenvolvimento da região. A riqueza natural da BTS, com expressiva extensão de recifes de corais, estuários e manguezais e sua forte relação com a história do Brasil transformam-na em um pólo turístico por excelência.
Na maior parte de sua extensão, a BTS é rasa, com profundidade média de 6m e profundidade máxima de 70m, no paleovale do rio Paraguaçu. A geologia da BTS foi determinada, em grande parte, pela atividade tectônica, quando da separação entre a América do Sul e a África; assim a BTS ocupauma área delimitada pelas falhas geológicas de Salvador e de Maragojipe. Possui uma bacia de drenagem total de 60.000 km2, mais de 90% são drenados por três tributários, os rios Paraguaçu, Jaguaripe e Subaé, responsáveis por uma descarga média anual de 101 m/s, perfazendo 74% da descarga fluvial total (Cirano e Lessa, 2007). O rio Paraguaçu é o principal tributário da BTS, apesar da represa de Pedra do Cavalo barrar 15 km à montante de sua foz. Em seguida estão os rios Jaguaripe e Subaé e pequenos cursos d’água periféricos. A descarga fluvial é refletida nas características essencialmente marinhas encontradas na maior parte da baía. No seu interior, a circulação é predominantemente forçada pelas marés (2,7 m de altura média de maré), sendo que a descarga fluvial média é inferior a 1% da vazão associada às marés na saída da BTS. A coluna d’água é caracteristicamente bem misturada e condições estuarinas são observadas apenas próximo à saída dos rios, em estuários com ecofisiologia complexa, os quais abrigam uma rica biodiversidade de alto interesse ecológico e extrativista.
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